直肠炎的病因可分成几大类：
- 性传播疾病引起的感染： 这是最常见的病因，通过肛交或口-肛交传播。可引起直肠炎的性病包括淋病、梅毒、生殖器疱疹、肛门疣和衣原体感染。
- 非性传播性细菌感染： 直肠炎很少发生于儿童，但也可以由链球菌感染所致 (这种菌是引起咽喉炎的罪魁祸首)。另外，一些常引起食物中毒的细菌如沙门氏菌、志贺菌、弯曲杆菌等，也可以引起直肠炎。
- 炎症性肠病： 如果你有溃疡性结肠炎或克罗恩病，那么你比其他人更可能出现直肠炎。溃疡性结肠炎一般累及大肠粘膜，包括结肠末端的直肠；克罗恩病则可累及胃肠道的任何部位。
其他病因
很多可破坏直肠粘膜的因素都可能引起直肠炎，包括：
- 化学物质，如过氧化二氢灌肠剂、药物、或置入直肠的异物；
- 肛门-直肠区域受伤；
- 为了治疗直肠癌、前列腺癌、宫颈癌或子宫癌等对直肠或其周围区域进行的放疗；
- 因其他疾病而服用抗生素，因为这可能会破坏消化道内的益生菌。