为了避免严重的脱水和休克，以及预防部分肠道因缺血坏死后引起感染，肠套叠需要紧急治疗。
当你的孩子抵达医院后，医生首先会稳定孩子的病情，包括经静脉补液，以及使用鼻胃管 (从孩子的鼻腔插入管道抵达胃部，见下图) 进行肠道减压。
医生通常会先用钡剂或空气灌肠来恢复套叠的肠道。如果灌肠有效，一般就不需要进行其它的治疗了。
如果肠道已穿孔，或是灌肠治疗无效，则通常需要进行手术治疗。通过手术，医生可松解套叠的肠道，解除梗阻，如果必要的话，还可同时切除已坏死的肠道。
有些时候，肠套叠是暂时性的，不经治疗可自行好转。在这种情况下，如果没有可能导致肠套叠的潜在疾病，自行好转后也不需要作进一步的治疗。