膀胱输尿管返流可能会导致肾脏受损。一般来说，返流程度越严重，肾脏受损也会越严重，因此而引起的并发症也越严重。可能发生的并发症包括：
- 肾脏瘢痕化： 尿液返流使得肾脏暴露于高于正常的压力中。随着时间的推移，这种高压会造成肾脏出现瘢痕。广泛的瘢痕化可能会导致高血压和肾脏衰竭。
- 高血压： 因为肾脏的功能之一是从血液中除去多余的水分，所以当肾脏的功能受损时，废物就会在体内积聚，从而造成血压升高。
- 急性肾脏衰竭： 肾脏的过滤功能丧失可能会导致废物在体内快速地积聚。这种情况可能需要紧急的透析治疗。
- 慢性肾脏衰竭： 在这种非常严重的并发症中，肾脏会慢慢地丧失功能。当残存的肾脏功能不到正常的 15% 时，就意味着到了肾脏衰竭的终末期了，这时一般需要透析或肾脏移植才能维持生命。