膀胱结石通常需要设法除去，以免造成后患。如果结石还小，医生建议每天多饮水来帮助排出结石。如果结石较大或者不能自行排出，医生可能会采用 “膀胱碎石洗出术” 将它们排出体外。在这个手术过程中，医生将一根末端携带摄像头的膀胱镜经尿道插入膀胱，以帮助查看结石。然后使用激光、超声、机械装置等手段粉碎结石，再用水把它们冲出体外。
为了让你在手术过程中不太难受，医生一般会在手术前对你进行局部麻醉或者全身麻醉。虽然 “膀胱碎石洗出术” 的并发症不常见，但它还是有可能引发尿路感染、发热、膀胱穿孔、和出血等，因此在操作前医生通常会给病人服用抗生素来预防这些并发症。在做完这个手术后一个月，医生一般会建议你做一下复查，以确定没有结石残留。
在有些比较少见的情况下，膀胱结石太大或者太硬，使用激光或超声等无法将它们破碎，这时需要做 “开放手术”，即医生在膀胱上切个口子，直接将结石取出。在做这个手术的同时，医生可能附带治疗一些引起结石的潜在疾病 (如前列腺增生)。