附睾炎有许多病因，主要包括：
- 性传播疾病：性病 (尤其是淋病和衣原体感染) 是性活跃的年轻男性患上附睾炎的最常见病因。
- 其它感染：小男孩、老年男性和同性恋男性的附睾炎多是由其它细菌感染引起的，比如尿路和前列腺处的细菌感染可扩散至附睾引起附睾炎。在比较少见的情况下，真菌感染也可引起附睾炎。
- 服用心脏病药物胺碘酮：在某些情况下，服用胺碘酮这种抗心律失常的药物也可能引起附睾炎，这类附睾炎可通过减少胺碘酮的用量或更换药物来治疗。
- 结核病：某些情况下，结核病可引发附睾炎。
- 尿液返流至附睾：这种原因引起的附睾炎也称为化学性附睾炎，它常常发生在用力举重物或憋劲时。
