慢性骨髓炎可通过手术以及抗生素来治疗。对于急性骨髓炎患儿和椎骨骨髓炎患者，通常不需要手术治疗。
手术
治疗骨髓炎的手术方式取决于骨髓的受累部位。手术通常包括以下一项或多项步骤：
- 感染部位的引流：即切开感染部位，引流骨髓腔内积存的液体或脓液。
- 切除病变骨质和组织：这种手术称为 “清创术”，即医生将坏死骨质切除，包括切除感染区附近的部分正常骨质，以确保所有感染的组织被清除干净。周围组织如果有感染的迹象，也要一并切除。
- 恢复骨质的血供：在清创手术后，医生会用你身体其它部位的骨质或其它组织 (如皮肤或肌肉) 来填充所留下的空隙。有时也可能会先使用暂时性的填充剂，直到你可以耐受骨质移植或组织移植手术时。移植的骨质或其它组织能帮助机体修复受损血管，以及形成新的骨质。
- 清除异物：有些时候，以前的手术留下的外科板及螺丝等异物，也需要被去除。
为了固定受累的骨质以及新的移植骨质，你可能还需要在骨内置入金属板、金属杆或螺丝。这些操作可能会等一段时间后再做。另外，医生可能会使用其它医疗器具来稳定受累骨质，如外固定器 (见下图)。
不能耐受手术的人群
骨髓炎的手术治疗并不一定适用于所有的病人。体质差的人群可能难以耐受如此大的手术，而且不易康复。在这种情况下，医生可能会选择长期 (甚至是数年) 的抗生素治疗，尽管这种方法通常难以完全治愈骨髓炎。如果感染持续，必要时可能需要截除受感染的全部或部分肢体。
抗生素
如果医生怀疑你患有慢性骨髓炎，在进行抗生素治疗前需要先明确病原体的类型 (即是细菌还是真菌，是哪种细菌等)，以便选用合适的抗生素，这可以通过骨髓活检来查明。
抗生素通常通过静脉点滴给药，有些情况下也可能口服。通常抗生素需使用4到6周，甚至更久。有些时候，你甚至可能需要终生使用抗生素。
抗生素有一定的副作用，如可能引起恶心、呕吐及腹泻等。有时还可能会出现过敏反应。
自我护理
在治疗骨髓炎的过程中，你应该照顾好身体，以便更好的抵御感染，帮助康复。例如：
- 戒烟：如果你吸烟，要戒掉。吸烟除了会导致很多其它疾病外，还会减慢四肢的血液循环，降低人体抗感染和康复的能力。
- 多吃水果和蔬菜：多吃水果及蔬菜等健康食物能帮助人体抵抗感染。
- 保持健康：如果你患有糖尿病或其它降低抗感染能力的疾病，请通过治疗和改变生活方式等来保持身体健康。即使在骨髓炎得到控制之后，也要注意保养，以预防骨髓炎的复发。