卵巢囊肿的最佳治疗方法取决于你的年龄、囊肿的类型和大小、以及你的症状。根据你的具体情况，医生可能会建议下面的某种治疗方法：
观察等待
如果你处于育龄期，卵巢囊肿没有引起任何症状，而且超声结果显示囊肿是液性的，那么你不一定需要马上治疗，可以暂时等一等，并在 1-3 个月后进行复查。医生可能会建议你以后定期做盆腔超声检查，监测囊肿的大小是否有变化。
如果更年期后的妇女所患的囊肿是液性的，并且直径小于 2 厘米，也可采用观察等待的方法。
避孕药
对于有些病例，医生可能会建议服用避孕药，以减小在今后的月经周期中新发囊肿的风险。口服避孕药还会显著减低卵巢囊肿癌变的风险。
手术
如果你的囊肿很大，而且看起来不像是功能性的囊肿，或者还在生长，或已经持续了 2-3 个月经周期了，医生可能会建议你进行手术切除。
根据病情的严重程度，目前有几种不同的手术方法。囊肿切除术是指只切除囊肿，但保留卵巢。卵巢切除术是指除了切去囊肿外，还切去那个受累的卵巢，但保留另外一个健康的卵巢 (见下图)。如果你还在育龄期，这两种手术都能让你保留怀孕的能力。至少保留一个卵巢还有一项好处，就是它可以维持身体产生雌激素的能力。
如果囊肿是癌性的，医生可能会建议子宫切除术，即切除你的子宫和双侧的卵巢。
若卵巢囊肿出现在停经后，由于具有一定的癌变风险，因此，医生一般也会建议进行手术治疗。