虽然目前还不清楚到底是什么原因引起溃疡性结肠炎的，但医学界现在一致认为，精神压力并不是主要的罪魁祸首，尽管它通常会加重症状。关于溃疡性结肠炎的真正病因，目前的想法集中在以下两种可能性：
- 免疫系统异常：一些医学研究人员认为，当你的免疫系统在清除侵入体内的细菌或病毒等病原体时，可引起消化道发炎。另外一种情况是，你的免疫系统可能会错误地攻击自身的组织 (即出现自身免疫反应)，在这种情况下，即使没有病原体入侵，也可能导致溃疡性结肠炎。
- 遗传：因为溃疡性结肠炎有一定的家族遗传性，即如果你的父母或兄弟姐妹患有溃疡性结肠炎的话，你患上该病的风险会升高，因此，医学研究人员推测，遗传基因在发病过程中也起一定的作用。
(右上：正常结肠；右下：溃疡性结肠炎)