医生在诊断溃疡性结肠炎时，首先需要排除其它具有类似症状的疾病，包括克罗恩病、缺血性结肠炎、肠道感染、肠易激综合征、憩室炎和结肠癌等。为了确诊，医生可能会建议下面的一些检查：
- 血液检查：医生可能会通过验血来检查你是否有贫血或感染。检测血液中是否存在某些抗体有时可以帮助诊断炎症性肠病的类型，虽然这些测试的特异性不高，即不能作出肯定的诊断。
- 粪便检查：如果你的大便中有白血细胞，则表明你可能患有炎症性疾病，而且很可能是溃疡性结肠炎。另外，粪便检查还可以帮助排除一些其它疾病，比如那些因细菌、病毒和寄生虫等引起的疾病。
- 乙状结肠镜检查：在这项检查中，医生通过一根纤细的、有光源的管子直接观察你的直肠和乙状结肠 (大约是结肠的末端60厘米)。在做乙状结肠镜检查时，病人会有些不舒服。另外，它也有导致结肠穿孔的风险，但是它的风险比结肠镜检查要低。
- 结肠镜检查：它和乙状结肠镜检查类似，但是所用的仪器 (即结肠镜) 是一根更长的纤细管子，并与摄像机和控制部分相连，因此医生可以通过它检查你的直肠和整个结肠。结肠镜检查需要半个小时左右。为了使你在检查过程中不难受，医生可能会对你进行轻度麻醉。结肠镜检查的风险包括结肠壁出血或穿孔。在检查过程中，医生还可能会摄取一点组织进行仔细评估 (称为活检)，这可以帮助确诊。
- 钡剂灌肠检查：在进行这项检查之前，医生以灌肠的形式将钡剂 (一种对比剂) 注入病人的肠道中，然后通过X线来检查病人的大肠。由于钡剂灌肠检查不像结肠镜检查那样精确，因此它不是评估结肠的最佳方法，但是医生可以将它和乙状结肠镜检查联用来提高精确度。另外，这种检查手段也可以用于那些无法进行结肠镜检查的患者。
- X线检查：当你的症状比较严重时，医生可能会建议对腹部进行X线检查。它可帮助排除是否有毒性巨结肠症或肠穿孔。
- CT 扫描：如果医生怀疑你的溃疡性结肠炎引起了某些并发症，或者你的症状提示你患上了克罗恩病，他可能会建议对你的腹部或骨盆进行 CT 扫描。CT 扫描是一种特殊的X线检查技术，与普通的X线检查相比，它能提供更为详尽的信息。CT 扫描不仅可以让医生观察到全部的肠道，还可以观察到其它检查手段无法检测到的肠道周围组织。医生往往通过这项检查来进一步明确病变的部位、范围以及有无并发症 (如是否有部分肠梗阻、脓肿或瘘管)。尽管 CT 扫描是一种无创检查，但比起普通的X线检查，它会让你暴露于更多的有害射线中。