• 脂肪：在巧克力所含的脂肪中，三分之一是油酸，它是一种对人体有益的单不饱和脂肪酸 (橄榄油因含有较多的油酸而出名)；另外的三分之一是硬脂酸，它是一种饱和脂肪酸，但是与我们日常饮食中的其它三种饱和脂肪酸不同，硬脂酸不会升高体内胆固醇的水平，因为它在体内能被代谢而转化为油酸；剩下的三分之一脂肪则大多是软脂酸，它是一种会升高胆固醇的饱和脂肪酸。可能是由于所含的脂肪中有好有坏，总体来说，食用巧克力不会升高血液中胆固醇的水平。
  • 黄酮类化合物：可可豆内含有许多黄酮类化合物，其中包括黄烷醇。巧克力的许多功效与这种成分有关。许多健康食物中也含有黄烷醇，如苹果、樱桃、红茶等，但是黑巧克力中黄烷醇的含量最丰富。
  • 氨基酸：巧克力含有丰富的色氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸等。与其它氨基酸一样，这些含氮丰富的化合物是体内合成蛋白质所必需的。另外，其中的两种氨基酸还具有独特的用途，即它们是合成肾上腺素和多巴胺的所必需的前体物质。肾上腺素是一种“应激激素”；而多巴胺则是脑内神经细胞之间传递信号的神经递质，科学家们推测多巴胺能够诱导人体产生愉快的情绪。不过这些成分也可以解释食用巧克力后的一些副反应，如激发偏头痛患者的头痛发作、使正在服用单胺氧化酶抑制剂的抑郁症患者的血压升至危险水平、以及造成一小部分的类癌患者出现腹泻、哮喘、面部潮红等症状。
  • 甲基黄嘌呤：巧克力含有两种甲基黄嘌呤类化合物成分，即可可碱与咖啡因。他们对人体有类似的作用，摄入后会造成一部分人心跳加快，还可能因为会引起胃与食管之间的肌肉舒张，使得胃酸返流入进入食管，产生 “烧心感”。